Après 10 ans de troubles et de persécutions, le Concordat de 1801 vient inaugurer une nouvelle période dans l’histoire du diocèse et du doyenné.
Les limites des nouveaux départements deviennent celles des diocèses. Les doyennés correspondent aux cantons.
Carentoir reste le chef-lieu du doyenné mais plusieurs de ses anciennes trèves deviennent paroisses à part entière au cours du XIXe siècle, à savoir la Gacilly, Quelneuc et la Chapelle-Gaceline.
De nos jours, hormis l’intégration de la paroisse de St Nicolas du Tertre, l’organisation du doyenné reste inchangée.